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全面取消農業稅有效減輕了農民負擔，但還必須跟上相應的配套措施，才不致于將這種負擔轉移從而可能造成新的負擔。

一、鄉鎮政府職能轉變滯后

取消農業稅后，長期圍繞稅費轉的鄉鎮政府，工作量大大減少，鄉鎮政府的催糧派款喪失了執行空間，人浮于事的問題顯得十分突出。此外，鄉鎮政府的財政收入不再依靠農村而主要來自上級政府的轉移支付。而轉移支付資金多被縣政府分解到各個縣級職能部門，鄉鎮財政完全成了“吃飯財政”。因此，鄉鎮政府的職能應該重新定位，將原來的部分管理職能剝離出去，由管理型向服務型轉變。但是在具體實踐中，基層政府職能轉變嚴重滯后，大部分鄉鎮對政府職能轉變基本上都停留在口頭上，沒有采取實際行動。

而鄉鎮職能轉變滯后的原因是“社會穩定”的剛性約束。各級政府不愿意看到由于職能轉變的沖擊再增加一支鄉鎮干部的上訪隊伍。其次，雖然原則上說機構設置不要求上下對口，但是專項資金、項目等都由上級部門控制，如果鄉鎮沒有這個部門，就要受到種種牽制。這種牽制經常直接表現為得不到上級的專項資金等非常實在的損失。再次，鄉鎮本身的擴張沖動強烈，編制約束力極其有限。

二、農村公共產品更顯不足

取消農業稅以后，鄉鎮政府財政收入失去了主要來源，對農村公共產品的供給更是有心無力。村委會要供給公共產品，必須籌集資金，但村委會不是一級政府，它不能有獨立的公共財政權。因此農村基礎設施建設短缺成為當前農村的一大難題。農村基礎設施建設短缺。以水利道路基礎設施建設為例，農業稅、“兩工”取消后，村內小型水利建設可以通過“一事一議”的方式解決，但跨鄉、跨村的道路水利設施建設工程難以開展。尤其在防洪任務重的洞庭湖區，按照防洪標準每年一線防洪大堤都要加高培厚，以前采取的辦法基本上都是運用“兩工”中的積累工，搞部分以資代勞，籌集資金用于堤防建設，每年用于堤防建設的以資代勞資金數目都相當大。

技術服務、農業信息等公共服務供給不足。在對農民的問卷調查中詢問農民“最希望從政府那里得到什么服務”，結果顯示：排在第一位的為農業技術指導。近幾年來，農民的科學種田水平并沒有提高多少，鄉鎮農技站、畜牧站、水產站等涉農部門也只是一門心思忙于自己的經濟利益，很少關注對農業的技術指導。而農民迫切需要種植、養殖方面的技術，現實中普遍缺乏農業技術服務。

三、鄉村兩級財政運轉困難

鄉村兩級財政收支矛盾突出。稅費改革以前，鄉鎮財政收入主要來源于各項稅費收入。農業稅取消以后，農業附加稅自行消失，村級運轉資金來源大量減少。今年免征農業稅，農業稅附加收入消失，國家財政轉移支付將成為村級正常運轉的惟一來源，村級收支缺口會更大，村級組織將難以發揮自我管理、自我教育、自我服務的作用。

農業稅尾欠及其余稅收的收繳困難。這次在宣布取消農業稅的同時，宣布暫停稅改前尾欠的清收，并對欠稅實行掛賬停息處理。這使農業稅尾欠問題成為目前農村社會的一大難題。