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生物信息學新進展范文第1篇

【關鍵詞】探究性學習；心理健康；社會適應

當今社會，學生的心理健康和社會適應健康是學校教育關注的熱點之一。那么，在生物課堂上該如何實施這方面的教育？筆者認為應當在教學過程中通過倡導探究性學習來完成。“倡導探究性學習”是生物課程的基本理念之一，開展探究性學習，不僅可以培養學生的多種能力，而且，探究性學習還是健康教育很好的方式，在探究性學習所營造的課堂氛圍下，學生的心理健康和社會適應健康水平都可以得到提高。

一、合理設計教學活動，指導學生開展生物探究性學習

教學設計必須強調學生的主體地位，重視學生的主體心理需求，教學要適應和促進學生的心理發展。因此教師要深入分析和挖掘教材的多重價值，從學生的生活經驗和社會發展的現實中取材，靈活有效的處理教材內容，并對探究性學習做好充分的課前準備和問題設計。

如在教學《生物的變異》一節時，為了探究變異的原因，教師設計了三個問題讓學生思考：1.同一品種的小麥種在不同的麥田里，麥穗有大有小，產生大穗、小穗的原因是什么？2.假如你是一位育種專家，你將如何證明這些差異是由于環境影響還是由于基因的組成發生變化引起的呢？3.如果是由基因組成發生變化引起的變異，將表現為小穗的種子繼續種在土壤條件好的田里，同學們可以推測一下，后代表現又會是什么？為什么？由于問題的設計和學生的生活密切相關，學生表現的興趣盎然，在討論過程中，他們認知過程中產生的矛盾不斷碰撞，在獲取了知識的同時也促進了他們的心理發展水平。

二、開展生物探究性學習，促進學生智力發展

智力是心理健康最基本的組成部分，而人的智力和能力是在解決問題的過程中發展起來的。探究性學習的過程就是解決問題的過程。在探究性學習中，學生要自己去發現問題、做出假設、設計實驗，要自己去尋找問題的答案。在這樣的過程中，學生的思維要經受多次的碰撞，學生的智力要接受極大的挑戰，而經過這樣的碰撞和挑戰，學生的觀察力、分辨力、注意力、思維力、創造力就得到了發展。

如在教學《種子的萌發》一節時，我首先請學生根據自己的生活經驗，談一談種子萌發可能需要哪些外界條件，以此激勵學生積極動腦，并提出要探究的問題。同時引導學生根據已有的知識和生活經驗或參照課本提供的資料作出假設，提出：“種子萌發所需外界條件可能有：水分、土壤、陽光、溫度、空氣、肥料等。”之后教師向學生質疑：“哪些是種子萌發的必要條件呢？”引導學生分析排除“肥料”這個因素（因為種子本身有貯存養料的結構，種子的萌發不需要肥料。）進而學生作出假設：“水、陽光、空氣、土壤、適宜的溫度可能是種子萌發的必要條件。”那么假設是否成立，需要用實驗的方法來檢驗。而做實驗以前，還要有一個完善的試驗計劃……通過以上的探究實驗教學，不但可以解決本節實驗探究過程中的問題，并使學生在觀察、操作、分析、提出問題，預設問題的結果、解決問題等方面都能得到很大的提高。

另外，探究性學習所營造的課堂氛圍有利于學生產生良好的情緒，使學生不必擔心動輒得咎，敢于在課堂上“冒險”和“犯錯誤”。當學生沉浸在智力高度緊張、情緒異常愉悅的氛圍中時，蘊藏的心智潛能就得到了開發。

三、開展生物探究性學習，促進學生社會適應健康發展

在傳統接受式的課堂上，人與人之間好像有堵無形的墻，各自獨立存在，缺少人際交往。不存在人際交往，就不存在社會關系，也就無法促進社會適應健康。

探究性學習一般以小組為單位，并且包含全班范圍內的交流與討論活動，需要學生“在合作中競爭，在競爭中合作”，這使得處在探究性學習中的人，不得不暫時放棄獨立，走進關系世界。學會與他人合作；需要與他人交流；遵守共同的行為規則。在探究性的課堂上，學生要體驗著由服從、沉默、反抗、競爭、合作、展示、成功、失敗等帶來的酸甜苦辣、喜怒哀樂，要進行著由互助、認同、接納、質疑、反駁、評價等帶來的交往與合作。因此，探究性學習中，存在著復雜的人際交往互動關系，如個人與集體、競爭與協作、求勝欲望與規則的限制等，而在對這些關系處理的過程中，人的社會適應能力就得到了培養。

總之，為了促進生物探究性學習，在教學過程中，教師必須俯下身子，學會傾聽，學會關注，把注意力主要放在學生身上，要學會及時作出合適應答，通過多向交互作用，促進學生的心理健康和社會適應健康。

【參考文獻】

[1]張大均.教育心理學[M].北京：人民教育出版社，2008.

[2]韓立福.新課程有效課堂教學心動策略[M].北京：首都師范大學出版社，2006.

生物信息學新進展范文第2篇

關鍵詞：生物信息學；課堂研討；案例分析

作者簡介：劉偉（1979-），女，遼寧鐵嶺人，國防科技大學機電工程與自動化學院，講師；張紀陽（1979-），男，湖南泌陽人，國防科技大學機電工程與自動化學院，講師。（湖南?長沙?410073）

中圖分類號：G642.0?????文獻標識碼：A?????文章編號：1007-0079（2012）23-0060-02

21世紀是生命科學的世紀，生物技術飛速發展，生物學數據大量積累。而生物信息學正是在這種大背景下蓬勃興起的交叉型學科，旨在用信息學方法解決生物學問題。為了培養復合型人才，大力發展交叉學科，國防科技大學（以下簡稱“我校”）近年來面向全校理工科研究生開設了“生物信息學”選修課程。

“生物信息學”作為新興的交叉學科，具有融合性、發展性和開放性的特點。[1]融合性是指生物信息學涉及的生物、計算機、數學等多個學科的交叉與融合。從20世紀90年代到現在，該學科發展非常迅速，研究熱點發生了數次改變。開放性是指該學科存在大量有待探索和研究的新問題。這些特點一方面為課堂教學提供了大量的主題和素材，一方面也對授課方式提出了較高的要求。經過認真分析，選定研討式教學作為該課程的主要授課方式。研討式教學即研究討論式教學，是將研究與討論貫穿于教學的全過程。[2]在教師的具體指導下，充分發揮學生的主體作用，通過自我學習、自我教育、自我提高來獲取知識和強化能力培養。[3]通過確立教學目標，精心設計和組織教學內容，在實踐中貫徹研討式教學理念和方法，在生物信息學課程中對研討式教學模式進行了理論探索和實踐創新。

一、教學目標的確立

合理的課程目標與定位是決定課程建設成敗和教學效果的基礎，其主要依據是人才培養需求和授課對象的實際情況。首先，教學對象是研究生，已具備一定的自主學習和創新思維的能力。教師不僅要傳授知識，而且要講解基本的研究方法，讓學生具備獨立思考問題、分析問題和解決問題的能力。其次，作為軍校學生，以后從事的工作可能涉及很多學科方向，展現如何針對一門新的學科方向進行研究的整體思路顯得很有意義。最后，考慮到學生不同的知識背景，對于各部分內容的理解程度不同，必須兼顧不同的專業方向，讓每個學生都能有所收獲。因此，確立教學目標為：介紹生物信息學的基本概念和方法，通過案例分析展現科學研究的基本方法和實踐過程。

二、教學內容的設計和組織

1.教學內容的總體設計

確定了教學目標之后，需要對課程的教學內容進行總體設計。參考國內外多所高校的相關課程設置，如北京大學的“生物信息學導論”、中科大的“生物信息學”、中科院的“生物信息學與系統生物學”和MIT的“Bioinformatics and Proteomics”等，發現這些課程主要是針對生物專業的學生開設，側重于方法學介紹。而我校學生大部分是工科背景，對于統計和機器學習方法有一定基礎，重點是了解相關的生物學問題，并應用已有的工科知識去分析和解決這些問題。同時，隨著生物信息學的快速發展，研究領域不斷擴大，有必要展現該學科的最新進展。

因此，課程內容總體設計上以生物學問題為主線，結合最新的研究成果，對各種計算方法的應用過程進行深入和細致的講解。在介紹生物信息學的研究現狀和生物學基礎知識之后，分多個專題詳述生物信息學最新的研究進展，各專題在內容上相互銜接，由淺入深，以便學生理解和接受。以問題為導向的課程設計對于啟發學生思考，積極參與課堂研討具有重要作用。

進一步，為了突出部分重點專題及其分析方法，采用案例分析課的形式，針對一些重要問題進行深入探討。鼓勵學生應用所學知識，結合自身的專業背景，通過積極地思考和討論提出相應的解決方案。案例選擇為教師有一定研究基礎的開放性問題，一方面介紹已有的研究成果，一方面結合教師的研究體會，通過積極討論拓展新的研究思路。案例分析課有助于學生更多地參與課堂研討，對于知識的綜合應用和科學研究過程產生切身體會。

2.教學內容的組織

研討式教學的關鍵是調動學生的積極性，鼓勵學生踴躍地參與課堂討論，提出自己的觀點。通過集中備課，學習和吸取老教師的成功經驗，總結調動學生積極性的基本要素，對授課內容進行了認真的組織和編排。

（1）重點突出，詳略得當。由于生物信息學涵蓋內容非常豐富，有必要對課程內容進行取舍，在保證知識面的基礎上，突出授課的重點。減少或刪除重要性較低的部分，采用圖片和動畫等形式對重要的知識點加以強調，以深化學生的理解。只有學生對重點內容理解透徹，才能激發出濃厚的學習興趣，積極參與課堂研討，碰撞出智慧的火花。

（2）新穎有趣，實例豐富。在課程內容上應充分體現知識性和趣味性，以豐富的實例展現生物信息學中基本的概念和方法。學生往往關注與日常生活休戚相關的內容，期望能用所學知識解釋常見現象，因此實例選擇應貼近生活體驗。課件中準備了大量的實例，例如，在講完構建進化樹之后，舉例說明為什么人類的祖先是從非洲走出來的；在生物代謝一章，通過賣火柴的小女孩的故事闡釋生物代謝過程的高效性；在蛋白質結構部分，討論為什么濕著頭發睡覺，頭發容易變翹。通過實例分析，增加學生對于所學知識的理解和參與課堂研討的積極性。

生物信息學新進展范文第3篇

[關鍵詞]生物信息學；案例教學；生物類專業

[中圖分類號]G64 [文獻標識碼]A [文章編號]1005-6432（2014）48-0179-03

生物信息學是一門交叉科學，它包含了生物信息的獲取、處理、存儲、、分析和解釋等在內的所有方面，綜合運用生物學、數學、計算機科學等方法，闡述和理解數據所包含的生物學意義。作為21世紀生命科學領域發展最為迅速的學科之一，生物信息學已成為介于生物學和計算機科學前沿的重要學科。實驗室的每一項技術，從簡單的克隆、PCR到基因數據分析都需要在計算機上進行處理。因此對生物學專業的學生而言，具有一定程度的理解和應用生物信息學技術的能力是十分必要的。而課程是為培養目標服務的。這就要求教師在有限的授課時間內，使學生不僅掌握基本的理論知識，緊跟科研的最新進展，而且在今后的科研工作中能學以致用。

1 理論與實踐相結合的教學手段

根據當今生物信息學的發展方向，教師結合理論教學內容增加綜合性、開放性實驗，使學生循序漸進地理解和掌握生物信息學的原理和方法，進而運用合適的生物信息學工具解決問題。本文以兩個案例解析這一教學過程。一是信息的簡單檢索。在獲取生物信息的同時，理解數據庫概念、動態規劃和bootstrap等算法；二是高通量測序的數據分析。在實現大規模數據處理和分析的同時，掌握統計分析基礎知識。

1.1 生物信息的簡單檢索

近一二十年，生物學數據，尤其是序列數據，以指數級的方式增長。以GenBank的核酸數據庫為例，每12～20個月數據就翻一番，略高于Moore定律提供的參考數值。如何從這些海量數據中獲取想要的信息，已成為生物學專業學生必須掌握的技能之一。而如何正確獲取和應用信息，則需要了解數據是如何被存儲、解析，以及背后隱藏的算法。因此圍繞正確挖掘數據信息這一主題，設計以下案例，通過4步展開教和學。

1.1.1 講解

基于大數據教師引申出數據庫存儲信息的概念。而后分類介紹常用的基因組數據庫、核酸序列數據庫、蛋白質序列數據庫、蛋白質結構數據庫以及各種常用復合數據庫。

1.1.2 演示

了解上述常用的數據庫之后，教師實例演示數據庫檢索。通過逐層提出問題，誘導學生思考如何利用上述不同的數據庫資源，一步一步挖掘所需的信息。例如，被測序的片段是哪個基因？該基因編碼的蛋白質序列是什么？是否有保守的功能結構域？在亞細胞的什么位置發揮什么功能？可能的三級結構？和哪些蛋白或RNA存在可能的相互作用？它在進化中又是如何演變的？

1.1.3 實踐

讓學生上機操作上述實例，體驗各個數據庫的側重點，并理解不同軟件不同參數的意義或差別。比如GenBank和Swissprot的側重點，PAM-n和BLOSUM-n的選取。

1.1.4 成文

引導學生形成可重復計算的科學文檔。對每一個案例，教師展示常規性的文件組織形式：/data，/analysis，/scripts，/reference等。寫說明文檔的時候，要求學生記錄每一個分析步驟的所有細節：數據庫的網址、軟件的名稱、版本、輸入的文件、精確的運行參數、結果的提取等。

通過這樣的案例教學模式，一是較好地將知識點融合串聯到教師講授和學生上機操作中。二是使學生不僅熟悉各種常見的數據庫，而且理解數據庫中各個軟件及其參數的意義，遇到實際問題也不再束手無策。而教師也可以充分參與到學生的學習中，對學生上機操作過程中出現的一些主要理論與技能問題了如指掌。通過教―學―練―教―練，達到學以致用的教學目的。三是培養學生創建較好的文檔及其組織形式，形成科學研究的可重復性（replication）和可復現性（reproducibility）。不僅有利于追溯前因，而且對代碼的復用，以及對結果應用于新項目都非常必要。

1.2 高通量測序數據的分析

隨著高通量測序技術的興起，大量物種的全基因組數據、轉錄組數據和其他類型數據被測定完成或正在進行中，每天都有成千上萬的數據被源源不斷地輸入相應的生物信息庫中。這些大規模數據的不斷產出，使得生物學專業學生掌握高通量數據分析技術已成為一種趨勢。因此，教師有必要將這部分內容由理論講授過渡到上機操作。

1.2.1 介紹

教師以DNA測序技術發展為主線，理論介紹De Novo測序、ChIP-seq測序、RNA-seq測序、Methyl-seq測序等。并通過拍攝的錄像，向學生直觀地展示不同的測序儀及其特點。

1.2.2 演示

教師對整個分析過程進行詳細的闡述并實時上機演示（下圖）。以轉錄組RNA-seq為例，包括測序質量的評估（堿基組成和堿基質量分析）、clean reads的篩選、利用TopHat/Bowtie將篩選出來的reads比對到參考轉錄本、統計reads在參考基因上的分布情況及覆蓋度，判斷比對結果是否通過第二次質控、通過cuffmerge將重復測序得到的reads形成一致性轉錄本、基因結構優化、基因覆蓋度統計、使用cuffdiff篩選差異表達基因和鑒別可變剪切體、對結果基因進行聚類分析、GO和pathway富集性分析。

1.2.3 實踐

讓學生分組討論并上機實現上述數據分析流程。掌握基本的Linux命令、統計計算和可視化分析。

1.2.4 成文

引導學生形成規范化文檔和腳本，以便回溯和可重復性使用。

高通量數據分析不僅涉及的知識點多，而且需要在Linux下進行簡單的操作和軟件的使用。對生物學專業的學生來說，容易造成心理上的抗拒。教師可以采用“分而食之”的策略：將教學內容分成相對獨立完整又有一定聯系的幾個部分（下圖）。對于每部分內容，教師利用已講解的相關知識給學生實時演示，并給出教師自己的理解和結果。然后把學生分組，讓他們根據自己的理解，帶著興趣和疑問上機實踐。并在上機操作過程中，鼓勵學生之間、學生與教師之間及時討論交流。最后讓學生將所有內容串聯起來，介紹本組的實驗內容及解決辦法。通過這種方式能較明顯地消除心理顧慮，有助于學生獨立思考，獨立解決問題。

“RNA-seq數據分析”案例教學流程圖

2 以能力測試為中心的考核方式

對于生物學專業的學生而言，生物信息學是一門實踐性很強的學科。因此，教師采用以“能力測試”為中心，知識與技能考核并重的考核方式。以上述兩個案例為例，在期末考試中，教師將NCBI GEO中“（RNA-seq[Title]）AND “Mus musculus”[porgn：__txid10090]”722個實驗數據，隨機分配給每個學生。要求每個學生對分配到的RNA-seq數據進行差異表達分析，聚類分析和富集性分析。并選擇合適的基因，分析其保守的功能結構域、亞細胞定位以及可能的蛋白質結構和功能、可能結合的轉錄因子、相互作用的蛋白質網絡和信號通路、構建相應的系統進化樹。

學生對上述每一個小題從“知識點”、“參考資料”、“使用軟件或工具”、“參數”、“腳本”、“結果”分別答題，不僅非常有效地明確所學的內容，而且很好地杜絕了作弊行為。

3 教學效果

為了解案例教學的效果，本課程案例教改活動向2011級生物科學和免疫學專業學生QQ群發放電子問卷，共收回82份答卷，統計結果如下表所示。從表中可以看出，案例教學模式使學生有較強的參與感，能較好地提高學生的學習興趣，學生對理論問題的認識更為深刻。

4 結 論

案例教學基于具體的事例，將一系列的知識點有機地串聯起來，并通過實例操作達到學以致用的目的。從學生反饋意見可以看出，這種理論與實踐結合的教學模式，很好地提高了學生的學習興趣。考慮到有限的授課時間和不同學生的學習背景，作為教師需要設計合適的案例，從而達到較好的教學效果。一般可以遵循以下原則。

4.1 具有代表性

所選的案例既要經典又要緊跟科學前沿。比如第一個案例所蘊含的數據庫檢索、序列比對和系統進化樹的構建，在生物信息學中，屬于較經典且核心的知識點。而第二個案例選擇的對象則與當前的科研熱點緊密聯系。

4.2 具有偏向性

生物信息學本身是個交叉學科，涉及的知識點相對較多。面對生物類專業背景的學生，我們側重生物信息學方法或者工具（軟件）的應用，而不是強調算法。比如第一個案例中系統進化樹的構建，我們只是以5條8bp長的序列為例講解最小進化法和鄰接法、最大簡約法、最大似然法以及貝葉斯推斷，重點在于強調不同的數據適合采用上述哪些方法以及如何用Mega等軟件實現系統進化樹的構建。

4.3 先后案例有層次性

比如第一個案例中，學生掌握了Windows下的序列比對。對于第二個案例中Linux下的Bowtie就容易理解并操作。

4.4 具有拓展性

比如第一個案例中，在Windows的DOS下進行批量序列比對時，不同的參數設置，輸出不同的數據格式。第二個案例中，Bowtie最多允許3個錯配，如果允許更多的錯配數，則可以采用SOAPaligner/ SOAP2實現。學生可以根據自己的興趣和能力，選擇拓展性內容進行繼續學習。

4.5 良好的成文習慣

引導學生養成良好的文檔組織和書寫習慣。每一個案例，都要求學生形成可重復性和可復現性的文檔，對于整理分析思路、核實結果、重復使用代碼都起到事半功倍的效果。

生物信息學是現代生物科學研究的重要工具和載體。如何有效正確地應用生物信息學，是每一個生物實驗者需要具備的能力。教師應緊跟學科發展的速度，圍繞學以致用的原則，將案例教學科學地、和諧地應用到教學實踐中，不僅使學生掌握一定的理論知識，從而正確地應用軟件工具，而且逐漸培養學生自我分析和解決問題的能力。

參考文獻：

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[2]ENCODE Project Consortium.An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome[J].Nature，2012，489（7414）.

[3]1000 Genomes Project Consortium，Abecasis GR，Auton A，Brooks LD，DePristo MA，Durbin RM，Handsaker RE，Kang HM，Marth GT，McVean GA.An integrated map of genetic variation from 1，092 human genomes[J].Nature，2012，491（7422）.

[4]Sandve GK，Nekrutenko A，Taylor J，Hovig E.Ten simple rules for reproducible computational research[J].PLoS Comput Biol，2013，9（10）.

[5]McCormick M，Liu X，Jomier J，Marion C，Ibanez L.ITK：enabling reproducible research and open science[J].Front Neuroinform，2014（8）.

[6]李偉蘭.論大學生學習心理障礙的成因及基本對策[J].湖北函授大學學報，2012，5（25）.

生物信息學新進展范文第4篇

一、會議征文

（1）原子光譜分析；（2）分子光譜分析；（3）色譜法與分離科學；（4）電分析化學；（5）波譜分析；（6）質譜分析；（7）顯微成像分析；（8）微流控芯片分析；（9）聯用方法與自動化分析；（10） 形態、表面及結構分析；（11） 生物分析化學；（12） 藥物和代謝物分析； （13）環境分析化學；（14）食品分析；（15） 蛋白質分析；（16）核酸分析；（17）納米分析化學；（18）分析儀器及裝置；（19） 質量控制； （20）化學計量學與生物信息學。本次會議的交流形式包括大會報告、邀請報告、口頭報告和墻報交流，并設100個優秀墻報獎，頒獎典禮（包括獎金和證書）將于閉幕式5月11日下午舉行，請大家注意安排行程，望踴躍投稿并參加墻報展示。

二、會議贊助

本屆年會將為各單位提供網絡展示機會和現場宣講平臺，誠摯邀請廣大儀器和試劑企業作為支持單位，攜手共建合作與交流平臺，具體事宜詳見"會議贊助方案"，聯系人：楊光富（027-67867800）、鐘鴻英（027-67862616）。

三、會議注冊和回執

1、請參會者盡早網上注冊，并預定賓館。注冊費標準、要求和匯款方式可登錄會議網站http：//查詢。

2、由于報到當天人數較多，而且無法刷卡，不能收取現金。請大家一律網上轉賬繳費， 繳費的優惠標準見會議網站http：//，會議期間統一開具發票。

四、會議相關事宜請與華中師范大學化學學院籌備組聯系方式：

1. 付款和到賬查詢事宜請咨詢丁克熔（027-67867958）、李芳（15527228758）。

2. 論文相關事宜請與徐暉（13308621435）、王鵬（13098822598）聯系。

3. 廠商展位安排等相關事宜請與程靖（13545349841）、梁沛（13886115719）聯系。

4. 住宿請各位家自行預定，住宿信息可見會議網站。相關問題可咨詢熊博（13871048762）、陳迪松（13135669557）。

5. 市內交通及其他事宜請與戢鳳琴聯系，電話：027-67867958。

生物信息學新進展范文第5篇

[關鍵詞] miRNA；腫瘤；生物標志物

[中圖分類號] R73 [文獻標識碼] A [文章編號] 1674-0742（2013）08（a）-0196-02

miRNA是一類長為19～25nt小分子單鏈RNA，其與靶標基因3'UTR結合，通過降解mRNA或抑制其翻譯，從而在轉錄后對靶標基因的表達水平進行調控。與腫瘤的發生、轉移、耐藥、預后等密切相關。目前研究miRNA的樣本多來源于新鮮組織和細胞。最近發現福爾馬林固定石蠟包埋的組織（Formalin-fixed and Paraffin-embedded， FFPE）中miRNA保存比較完整并與新鮮組織中的miRNA高度相關[1]，為miRNA的研究開辟了一個新的途徑。石蠟組織miRNA可能是一種理想的腫瘤標志物，該文就該領域的最新進展進行綜述。

1 石蠟包埋組織miRNA中存在miRNA

長期以來，醫療和科研機構采用福爾馬林固定和石蠟包埋方法保存病理組織。現在全世界已保存有大量的石蠟組織樣本，覆蓋所有已知的疾病。每個石蠟組織樣本都具有特別的價值，關聯著大量的病人數據。所以石蠟組織標本是人類對疾病研究寶貴的信息庫，尤其是回顧性研究和少見疾病的研究。然而通常mRNA甚至DNA、蛋白都有不同程度的降解。但有研究表明，盡管大分子RNA可能會發生降解，但在一般情況下，小分子RNA是不受石蠟固定影響。此外，已有許多研究證實miRNA受FFPE處理的影響非常小，并且從FFPE樣本中提取的microRNA與冷凍組織樣本一樣，可提供可信的表達譜。甚至保存長達30年的FFPE樣本仍可提供可信的microRNA表達譜數據[2]。

2 石蠟包埋組織miRNA的提取

石蠟組織樣本可經過異丙醇和乙醇脫蠟后通過trizol法提取總RNA，成本較低。但普通的過柱法效果較差，可能與過柱時小RNA被吸附有關。目前已有多種商品化試劑盒用于從FFPE樣本中提取microRNA，例如Ambion公司的RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation Kit for FFPE，Qiagen公司的miRNeasy FFPE Kit，Norgen公司的FFPE RNA Purification Kit等。試劑盒提取簡單快速，并且易于富集miRNA，但成本較高。

3 石蠟組織miRNA的檢測

對于發現新的miRNA分子通過小分子RNA建庫克隆測序是經典方法。首先構建cDNA文庫，再將這些cDNA進行克隆、測序，然后生物信息學分析，最后將具有發夾結構的小分子RNA進行Northern雜交以驗證。

石蠟組織樣本中的已知miRNA檢測可以采用miRNA芯片技術，能夠發現石蠟組織樣本中的miRNA表達譜的差異，利用被篩選出的具有差異的miRNA作進一步研究。目前已有多種類型的miRNA檢測芯片可以選用。 但是基因芯片檢測方法的重現性和準確性相對較差， 一般多用于初篩， 對獲得的結果通常需要進一步驗證。RT-PCR技術是目前最常用的驗證miRNA的技術，常見的有Taqman探針法、SYBR Green法、莖環RT-PCR法。也有人采用表面增強拉曼光譜法、磁珠流式檢測等。

4 石蠟組織miRNA與新鮮組織miRNA的相關性

目前已經有多項研究表明，石蠟組織中的miRNA與新鮮組織的miRNA有良好的相關性，Xiao Zhang[3]將7對匹配的石蠟包埋組織和新鮮冰凍組織進行miRNA檢測，spearman相關指數為0.847～0.948。Jinghuan Li[4]做了類似的研究發現兩者的相關系數R20.95，并且認為在總RNA量相當時石蠟中microRNA含量比新鮮組織多。有人比較石蠟和冰凍組織micorRNA及mRNA表達的相關性，發現microRNA高度相關，mRNA則較差。

5 石蠟包埋組織miRNA在腫瘤檢測中的應用

由于石蠟組織中miRNA與新鮮組織中的miRNA有良好的相關性，部分學者利用石蠟組織進行了研究。Danit Lebanony[5] 利用microRNA做為標志物區分鱗癌和其他非小細胞肺癌，其中hsa-miR-205可區分鱗癌和其他非小細胞肺癌的敏感度96%特異性90%。Nitzan Rosenfeld[6]則通過實驗發現石蠟中miRNA不僅保存完好，并且通過miRNA可以區分組織來源。

miRNA與mRNA相比較小、不易降解、缺乏poly A加尾結構，因此受福爾馬林固定和石蠟包埋等處理的影響要小。石蠟樣本miRNA的特點有利人類更好的利用現有的最大標本庫，為探討腫瘤的發生、發展、預后等等提供又一有力手段。

[參考文獻]

[1] Wang F， Wang L， Briggs C，et al. DNA degradation test predicts success in whole-genome amplification from diverse clinical samples[J].J Mol Diagn，2007，9（4）：441-451.

[2] von Ahlfen S， Missel A， Bendrat K. Determinants of RNA quality from FFPE samples[J].PLoS One，2007，5，2（12）：1261.

[3] Zhang X，Chen J，Radcliffe T，et al.An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples[J].J Mol Diagn，2008，10（6）：513-519.

[4] Li J，Smyth P，Flavin R，et al. Comparison of miRNA expression patterns using total RNA extracted from matched samples of formalin-fixed paraffin-embedded （FFPE） cells and snap frozen cells[J].BMC Biotechnol，2007，29（7）：36.

[5] Lebanony D，Benjamin H，Gilad S，et al. Diagnostic assay based on hsa-miR-205 expression distinguishes squamous from nonsquamous non-small-cell lung carcinoma[J].J Clin Oncol，2009，27（12）：2030-2037.