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納稅檢查后會計處理的正確與否，對于企業不僅關系到其涉稅會計核算、年度所得稅匯算清繳的正確性和恰當性，而且還將直接影響到其整體財務會計核算的準確性和恰當性；對于稅務機關則不僅關系到納稅檢查工作成果能否得以正確體現，而且還將直接影響到征管工作質量的提高。

本文所稱納稅檢查是指：稅務機關、會計師事務所、稅務咨詢機構或納稅人自己等對納稅人已決算年度涉稅業務的檢查、自查，即是對上年度或以前年度的納稅檢查。財政部、國稅總局及各類涉稅會計書籍上有關納稅檢查會計處理的規定或論述一般都僅適用于會計年度內納稅檢查的會計處理。然而實際工作中更多的是跨年度的納稅檢查。跨年度納稅檢查的會計處理自有許多不同于會計年度內的方面。筆者認為跨年度納稅檢查會計處理應把握的基本原則是：（1）增值稅屬價外稅，一般應通過''''應交稅金-增值稅檢查調整''''專戶進行調整；若屬少計、漏計銷售的，則應同時按查獲的計稅額，即查獲額，調增''''以前年度損益''''。（2）固定資產投資方向調節稅、個人所得稅等非直接記入銷售稅金及附加等當期損益的稅費，應類似于會計年度內的處理，記入相關科目。（3）營業稅、房產稅等直接記入當期損益的稅費，除企業所得稅外，均應按實際查補的稅額調減''''以前年度損益''''；若屬少計、漏計銷售的，則應同時按查獲額，調增''''以前年度損益''''。（4）企業所得稅，則應按少計、漏計的非應稅（流轉稅）收入（如''''營業外收入''''等，應稅收入部分應已在查補流轉稅時調增）和多計的成本、費用調整''''以前年度損益''''；在所得稅匯算清繳時，對有相應的所得稅查補稅款則應在查補所得稅項中加以反映。

現僅就有別于年度內會計處理的方面說明如下：

一、增值稅：

（1）設立''''應交稅金-增值稅檢查調整''''專戶。

（2）檢查應調減進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的，借記相關科目，貸記本科目；應調增進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的，借記本科目，貸記相關科目。

（3）本科目余額若在借方則借記''''應交稅金-應交增值稅-進項稅額''''，貸記本科目；若余額在貸方則借記本科目，貸記''''應交稅金-未交增值稅''''或''''應交稅金-應交增值稅''''科目。

（4）若上述相關科目是損益類科目，則應記入''''以前年度損益''''。

（5）若屬''''少計、漏計應計銷售''''的，則應同時將查獲的銷售額貸記''''以前年度損益''''科目。

二、營業稅、房產稅等直接記入當期損益的稅費（企業所得稅除外）：

（1）按實際查補的稅費，借記''''以前年度損益''''，貸記''''應交稅金-應交相關稅種''''等相關科目。

（2）若屬''''少計、漏計應計銷售''''的，則應將查獲的計稅額貸記''''以前年度損益''''科目。

三、個人所得稅、固定資產投資方向調節稅等非直接記入當期損益的稅：

（1）按實際查補的稅款，借記''''應付工資''''、''''在建工程''''或''''固定資產''''等相關科目，貸記''''其他應付款-應交個人所得稅''''、''''應交稅金-應交相關稅種''''等相關科目。

（2）若屬不應記入而記入當期損益的，則應按實際查獲額，借記''''應付工資''''、''''在建工程''''或''''固定資產''''等相關科目，貸記''''以前年度損益''''科目。

（3）若屬不應記入而記入產成品、在產品等存貨類科目的，則應亦將實際查獲額在''''以前年度損益''''、''''產成品''''、''''在產品''''等間按比例進行分配，借記''''應付工資''''、''''在建工程''''或''''固定資產''''等相關科目，貸記''''以前年度損益''''、''''產成品''''、''''在產品''''等科目。

四、企業所得稅：

（1）應按少計的非應稅的收入（如''''營業外收入''''等，應稅收入部分已在查補流轉稅時調增），借記相關科目，貸記''''以前年度損益''''。

（2）多計的成本、費用的，則應借記相關科目，貸記''''以前年度損益''''。

（3）實際查補的所得稅稅款，借記''''所得稅-查補稅款''''，貸記''''應交稅金-應交所得稅''''科目。

（4）在所得稅匯算清繳時，對已實際查補的所得稅稅款則應在查補所得稅項中加以反映。

五、滯納金、罰款、罰金：

（1）借記''''營業外支出''''，貸記''''銀行存款''''。

（2）在所得稅匯算清繳時，在不得扣除項中，進行納稅調整。