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長期以來，農村基層黨組織設置多數是以村或按自然居住區域劃分，但隨著我國社會主義市場經濟的不斷發展，農村市場化進程加快，農村經濟發展呈現出明顯的專業性分工和多層次經營，農村黨員流動量增大，中心村建設加快，使原來傳統條件下的基層黨組織設置和管理體制出現了“三個不適應”：一是生產經營的組織化、集約化與黨組織設置的區域化不相適應，使村級黨組織“空巢化”；二是黨員的流動性、專業性與黨內教育管理方式不相適應，使黨員“邊緣化”；三是產業組織管理的松散性與實現黨的領導不相適應，使黨組織不能充分發揮領導核心和戰斗堡壘作用。

科學合理地設置農村基層黨組織，是加強農村基層黨組織建設、發揮黨組織作用的前提。各地要以科學發展觀為統領，主動適應農村經濟社會發展的需要，在堅持按地域、建制村為主設置黨組織的基礎上，按照有利于促進農村經濟社會發展、有利于充分發揮黨組織作用、有利于加強黨員教育管理、有利于擴大黨的工作覆蓋面的原則，積極探索農村基層黨組織的設置形式，不斷優化各種組織資源配置，鞏固和擴大黨的覆蓋面，實現黨的有效領導，為建設社會主義新農村與構建社會主義和諧社會提供堅強的組織保證。

一要適應并村后黨員人數增加的變化，及時升格村級黨組織。《黨章》規定，基層黨組織設置形式應按照工作需要和黨員人數來確定。黨員人數在100名以上、黨建基礎較好、經濟發展具有一定規模和特色的村，可建立村黨委；黨員人數在50人以上的可設立黨總支。升格后的村黨委（黨總支）仍隸屬于鄉鎮黨委領導。村黨委（黨總支）應按照地域相鄰、行業相近、優勢互補、便于管理的原則，下設若干黨支部，黨支部書記一般由村黨委（黨總支）委員兼任。

二要適應農村產業結構調整和農民專業合作經濟組織快速發展的形勢，及時設置產業黨支部。依托農民專業合作經濟組織、農業龍頭企業、農業示范基地或主導產業等設置產業黨支部，把黨支部的組織領導、政策引導、發動群眾等方面的優勢與農村經濟組織的技術、信息、市場、資金優勢結合起來，解決一家一戶辦不了、辦不好或辦了不劃算的事情，化解小生產與大市場的矛盾，提高農民進入市場的組織化程度。這些產業黨支部可以隸屬于所在村黨委（黨總支），也可以突破區域設置，隸屬鄉鎮黨委。

三要適應黨員在產業間的轉移和地區間的流動日益廣泛和頻繁的趨勢，在流動黨員中設置黨支部。在流動黨員集中的地方建立黨組織，注重為黨員提供服務，寓管理于服務之中，在服務中加強管理，構建以流入地黨組織管理為主，流出地黨組織和流入地黨組織密切配合、有機銜接、雙向互動、共同負責的流動黨員管理的長效機制，使他們“人行千里有黨管、外出務工不脫黨”，讓外出務工黨員得到有效的教育管理，擴大黨的工作覆蓋面。

四要適應城鄉一體化的發展趨勢和推進社會主義新農村建設的需要，建立農村社區黨組織。在村莊規劃比較完善、農民居住比較集中、產業特色比較明顯、經濟比較發達的村，可依托農村住宅小區或中心村（片），建立農村社區黨組織，根據農村社區的特點，積極探索加強農村社區黨建工作的有效途徑和方法，在創新機制、促進發展、服務群眾等方面大膽實踐，充分發揮農村基層黨組織和黨員在建設社會主義新農村中的戰斗堡壘和先鋒模范作用。

五要適應黨員從業結構多元化的趨勢，優化農村黨小組設置。打破原有按自然村、村民小組設置黨小組的單一形式，按照黨員年齡、特長、分布、從業情況和農村工作的需要，結合無職黨員設崗定職，設置科技示范型、市場信息型、普法民調型、參謀顧問型等不同類型的黨小組，努力做到教育黨員更有效，服務群眾更直接，推動發展更有力，更好地發揮村黨組織的領導核心作用和黨員的先鋒模范作用。